Спин-офф аниме «Научный Рейлган» фокусируется на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. После событий основной сюжетной линии он восстанавливается, потеряв значительную часть своих способностей в результате спасения девочки по имени «Последний заказ». Его попытка вести спокойную жизнь прерывается, когда он вынужден вмешаться в дело о похищении. Объектом интереса становится таинственная девушка, Эстель Розенталь, у которой обнаруживается фотография, связанная с клоном Мисаки.

Расследование приводит Акселератора к конфронтации с организацией «Дисциплинарное Наказание», которая объявила эсперов угрозой, требующей уничтожения. Группа использует в качестве основного оружия останки умерших магов, помещённые в роботизированные скафандры. По мере реализации их планов, направленных против Академии-Сити, противостоять этой угрозе приходится Акселератору, который не считает себя героем, но остаётся сильнейшим эспером в городе.