В Хеллоуин в районе Сибуя происходит нападение на свадебной церемонии детектива Мивако Сато. В результате инцидента ранение получает её коллега Ватару Такаги. Параллельно из тюрьмы совершает побег преступник, причастный к взрыву три года назад, в котором погиб полицейский Джинпей Мацуда. Расследованием занимается частный детектив Рей Фуруя, который был знаком с погибшим по совместной учёбе в академии. В ходе преследования Фуруя оказывается обездвижен, и на него надевают ошейник со взрывным устройством.

К расследованию подключается Конан и группа сыщиков. Их задача — выяснить связь между нападением и побегом, а также обезвредить бомбу. Конан, чьё настоящее имя — Синъити Кудо, был семнадцатилетним детективом, пока не стал мишенью преступного синдиката «Чёрная организация». Члены организации, пытаясь его устранить, дали ему экспериментальный яд, но вместо смерти его тело приняло облик семилетнего ребёнка. Скрываясь под именем Конан, он продолжает расследовать преступления, используя свои прежние навыки и знания.