События разворачиваются в двухтысячных годах, спустя восемь лет после истории, связанной с Макроссом Фронтиром. В ответ на атаку инопланетян на Землю человечество начало строительство космических кораблей для поиска нового дома в просторах Вселенной. В ходе продолжающегося конфликта, известного как звездная война, были сформированы военные подразделения. Одно из них — эскадрилья пилотов-девушек под названием «Валькирия», которой руководит Микумо. В операциях им содействует команда «Дельта».

Сюжет знакомит с Хаятэ — парнем, не имеющим постоянного места жительства и путешествующим по космосу. Его жизнь меняется после случайной встречи с пилотами «Валькирии». Впоследствии он объединяет усилия с эскадрильей для противостояния таинственному существу, которое представляет угрозу галактике, уничтожая всё на своём пути. Война способствует раскрытию личных способностей отдельных персонажей, где исход сражений часто зависит от их качеств, а также ускоряет технологический прогресс человечества.