В результате инцидента под названием «Скайфол» орбитальная космическая колония сошла с орбиты и столкнулась с Землёй. На месте падения образовался обширный кратер, ставший средой обитания для существ, известных как «кайдзю». Их происхождение связано с генными мутациями, вызванными катастрофой. Природа этих существ остаётся неопределённой: являются ли они мутировавшими людьми или новой формой жизни, представляющей угрозу. Вопрос о возможных выживших на самой станции также остаётся без ответа.

Аватар по имени Рэй прибывает в зону кратера с целью сбора сохранившихся образцов семян, не подозревая в полной мере об опасностях этого места. В ходе поисков он обнаруживает загадочную девочку по имени Мил. Её истинная сущность — человек или кайдзю — не ясна. Рэй становится её случайным спутником, и его дальнейшие действия связаны с необходимостью выяснить причины катастрофы «Скайфол», обстоятельства падения колонии и мотивы самой Мил. Расследование этих событий приводит к раскрытию ранее неизвестных фактов.