Рост численности населения приводит к усилению загрязнения окружающей среды. Для решения этой проблемы создается Международная Научная Организация, призванная стабилизировать экологическую обстановку. Однако деятельность МНО привлекает внимание преступной группы, планирующей захватить контроль над организацией для установления своего влияния на планете.

Против МНО действует группа Галакторов под руководством анонимного Лидера Х, чьи приказы исполняет командующий Берг Катзе. Для противодействия этой угрозе доктор Намбу формирует отряд Гатчамен, состоящий из пяти ученых-ниндзя, обученных для борьбы с роботами-монстрами, которые используются преступной организацией.