В городе Фуюки периодически фиксируются аномальные явления, связанные с появлением духов. Эти существа способны принимать форму магических карт, всего их существует семь. Местная Ассоциация, отвечающая за магическую безопасность, направила специальный отряд для их нейтрализации. В операции против двух духов, Рин и Лувии, были задействованы артефакты, созданные магом Зелтрехом, известные как Калейдо-жезлы. Эти жезлы обладают собственной волей и не всегда подчиняются пользователям.

Впоследствии один из жезлов, покинув прежних владельцев, заключает контракт с Иллией, девочкой, проживающей с отцом в городском особняке. По условиям контракта, Иллия обязана заниматься поиском определённых магических артефактов. В процессе поисков она знакомится со своей сверстницей Мией, которая становится её компаньоном. Их деятельность постепенно приводит к столкновениям с противниками и вовлекает в опасные ситуации.