После потери слуги Сэйбер Широ Эмия перестаёт быть мастером в войне за Святой Грааль. Однако угрозы для его близких не исчезают. По возвращении домой Синдзи Мато угрожает жизни Сакуры Мато, вынуждая Широ вступить в бой против слуги. Во время атаки Рин Тосакы раскрывается, что истинным мастером Райдера является не Синдзи, а Сакура. Проявляющиеся у Сакуры силы демонстрируют опасный и неконтролируемый характер.

Сюжетная арка Heaven's Feel представляет собой альтернативную линию, отличающуюся более мрачной тональностью и содержанием. Повествование непосредственно продолжает события первого фильма, без возвращения к предыстории или повторного объяснения правил войны. Центральным элементом становится развитие отношений между Широ и Сакурой, которые переходят от взаимной привязанности к более определённой связи. Перед Широ встаёт выбор между идеалом «Героя справедливости» и защитой конкретного человека.