Действие аниме происходит в Сингапуре, где во всемирно известном отеле Marina Bay Sands совершено убийство. Расследование может быть связано с исчезновением крупного драгоценного камня, известного как «голубой сапфир», пропавшего ещё в XIX веке. Этот артефакт обнаруживает мастер боевых искусств Макото Кёгоку, имеющий в своём послужном списке более четырёхсот побед в различных поединках. Однако найденный сапфир почти сразу похищает неизвестный вор.

Параллельно в Сингапур прибывают Кайто Кид и детектив Конан. Конан берётся за расследование убийства в отеле, которое оказывается связано с пропажей сапфира. Ему предстоит не только распутать это дело, но и решить ряд личных вопросов. При этом другие заинтересованные стороны также активно действуют, преследуя собственные цели, что создаёт дополнительные сложности в ходе расследования.