После окончания войны и изгнания Британской империи, что стало возможным благодаря действиям Лелуша, Япония вошла в состав Объединенной Федерации Наций. Новая организация установила единые правила, приведшие к периоду мира. Однако стабильность оказалась временной. Наннали и Сузаку захватывает в заложники неизвестный человек, что становится первым признаком новой угрозы.

Параллельно Саёко, Каллен и Ллойд по приказу Шнейзеля выполняют секретную миссию в королевстве Зилкстан, где также подвергаются нападению. Агрессор обладает силой Гиаса и называет появившуюся С.С. "бывшей главой Ордена". Вместе с другими персонажами ей предстоит выяснить происхождение этого человека и обстоятельства его появления. Отряду необходимо выполнить задание и вернуться, столкнувшись с непредвиденными препятствиями.