Люди долгое время стремились освоить морские и океанские пути для перевозки товаров. В ходе конфликта между двумя ведущими державами возникла третья сила, известная как глубоководный флот. Эта армия, считавшаяся непобедимой, обладала способностью появляться внезапно в любой точке, что вынудило человечество отступить к береговой линии и избегать открытой воды. Поскольку традиционные методы борьбы не приносили результата, правительство инициировало создание специальной академии для подготовки нового типа защитников.

В академии проходят обучение девушки, каждая из которых носит в себе дух мощного военного корабля. В момент необходимости эти юные особы могут призывать соответствующее их духу грозное вооружение. Фубуки, недавно обнаружившая у себя такие способности, становится студенткой этого заведения. Вместе с обретенными в академии подругами она участвует в морских сражениях против кораблей глубоководного флота и других угроз. Параллельно с боевыми вылазками героини решают типичные подростковые проблемы, продолжая обучение и накапливая опыт.