Аниме "Боруто" продолжает историю деревни Скрытого Листа, где Наруто Узумаки занимает пост Хокаге и живёт с семьёй. Несмотря на окончание Четвёртой мировой войны шиноби, угроза сохраняется из-за оставшихся последователей Кагуи, которые планируют поработить планету. Осознавая эту опасность, Наруто уделяет много времени обязанностям лидера, что сокращает его общение с сыном Боруто.

Боруто, видя постоянную занятость отца, решает найти себе другого наставника и обращается за помощью к Саске Учихе. Саске, хотя и неохотно, соглашается обучать Боруто, параллельно занимаясь со своей дочерью Сарадой. В процессе обучения Боруто знакомится с Сарадой, сталкивается с различными сложными ситуациями и стремится развить свои боевые навыки, чтобы в будущем превзойти отца в технике владения ниндзюцу.