В 2199 году человечество столкнулось с инопланетной расой Гамилус, уничтожившей множество планет. Их следующей целью стала Земля. Капитан Ямато на космическом линкоре предпринял попытку противостоять вторжению. Противник применил метеоритную атаку, в результате которой на планету обрушились железо-каменные глыбы, уничтожившие основную часть жизни. Последующее радиационное заражение сделало поверхность необитаемой, поставив оставшихся в живых людей на грань вымирания. Военные возможности Гамилус значительно превосходили земные.

Цивилизация Искандар, наблюдая за событиями из другой части галактики, предложила землянам технологическую помощь. Через зашифрованный канал связи была передана информация о возможности преодоления межзвездных расстояний. Для этого требовалось построить на основе сохранившегося корпуса линкора «Ямато» новый космический корабль с усовершенствованным двигателем. Начались работы по восстановлению и модернизации судна согласно полученным чертежам. Успех проекта должен был позволить уцелевшим отправиться в длительный перелет к указанным координатам.