В альтернативной реальности Британская империя установила глобальное господство, присоединив к своим территориям множество стран, включая Японию. Оккупационный режим поддерживается военной силой, которая оперативно подавляет любые проявления неповиновения. В ответ на это на оккупированных землях формируется движение сопротивления, участники которого ищут способы освободить свои страны от британского контроля.

Лелуш, бывший принц британской императорской семьи, проживает в Японии под прикрытием, обучаясь в престижной академии. Во время случайного столкновения с войсками подавления он оказывается на грани гибели, но его спасает девушка по имени С.С., наделяющая его сверхъестественной способностью — силой абсолютного приказа, которому не может противостоять ни один человек. Используя этот дар, Лелуш принимает решение о мести империи. Под маской и псевдонимом Зеро он возглавляет повстанческие силы, разрабатывая стратегии по устранению ключевых военных командиров и продвижению к императорскому трону, чтобы восстановить справедливость и вернуть утраченное положение.