Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный среди сверстников как "современный Шерлок", обладает выдающимися дедуктивными способностями. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Обнаруженный мафиози, Шиничи оказывается в безвыходной ситуации и вынужден принять неизвестную таблетку, после чего теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследователей, он принимает решение инкогнито поселиться в доме Ран, представляясь дальним родственником. Отец девушки, Когоро Мори, руководит частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся аналитические навыки и маскируясь под невинного ребенка, Шиничи начинает тайно участвовать в расследованиях, одновременно пытаясь найти способ вернуть себе прежний облик и раскрыть тайну организации, которая его преследует.