В отдаленном будущем человечество освоило межзвездные путешествия и начало колонизацию других планет. Однако миграция не принесла ожидаемых результатов, и многие столкнулись с проблемами выживания. Возвращение на Землю стало невозможным, поскольку планета получила статус запретной территории. В этой ситуации появляется капитан Харлок, пират, управляющий призрачным космическим кораблем. Он предлагает помощь тем, кто оказался в безвыходном положении.

Харлок — опытный воин и пилот, придерживающийся собственных принципов справедливости. Внешне он производит впечатление замкнутого человека, предпочитающего действия словам. Его основная цель — противостояние тоталитарному режиму, который использует население в корыстных целях. Несмотря на намеренную отстраненность, капитан посвящает себя борьбе за освобождение людей от репрессивного правительства.