В 2185 году лейтенант Джеймс Вега остается единственным выжившим после уничтожения космического корабля "Нормандия" и исчезновения капитана Шепарда. В системах Терминуса начинают бесследно пропадать человеческие колонии, что сигнализирует о новой угрозе, возникшей после поражения "Властелина". Вега оказывается вовлечен в эти события и сталкивается с неизвестным противником. Когда опасность приближается к колонии, находящейся под его защитой, лейтенант вынужден самостоятельно принять командование и организовать оборону.

На Вегу ложится ответственность по спасению колонии без поддержки извне, что заставляет его полагаться на собственную решимость и ограниченные ресурсы его команды. В процессе принятия решений он осознает, что идеальных вариантов часто не существует, а последствия любого выбора могут быть тяжелыми. Столкновение с рядом моральных дилемм и оперативных сложностей постепенно влияет на формирование его характера. Действия лейтенанта в неизученных регионах космоса становятся для него испытанием, в ходе которого он определяет свои принципы и границы ответственности.