После вторжения инопланетных существ, стремящихся установить контроль над планетой, большая часть населения Земли была объявлена погибшей. Выжившие в Японии содержатся в строго изолированных условиях. Токио превратился в закрытый город, выход за пределы которого запрещен и контролируется; нарушители подвергаются наказанию. Камина Аято, недавний выпускник школы, проживает с матерью, полностью поглощенной работой в ущерб семейным отношениям. Это приводит к регулярным конфликтам и взаимному непониманию между ними.

Численность человечества сократилась до двадцати миллионов, однако угроза его существованию сохраняется. Внезапное возобновление военных действий заставляет армию применить мощное оружие против неизвестного противника, что вызывает панику в Токио. В этой ситуации Аято встречает женщину, которая предлагает ему управлять роботом под названием Ра-Зефон. Получив доступ к этой машине, Аято обретает возможность защитить своих близких от надвигающейся опасности.