Альтомар представляет собой столицу водного пространства. Город известен легендой о двух уникальных покемонах, Ратиасу и Ратиосу, которые в нём обитают. Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город, где случайно встречают этих загадочных существ. Ратиасу и Ратиосу, будучи братом и сестрой, демонстрируют сильную эмоциональную связь, способную передавать чувства одним взглядом.

На покемонов начинают охоту сёстры Заннаа и Рион, известные как охотники. Их попытка поймать Ратиасу и Ратиосу вовлекает в конфликт Эша и его друзей. Ситуация осложняется тем, что эти покемоны связаны с артефактом под названием "Капля души", обладающим потенциалом затопить Альтомар. Также возникает угроза со стороны покемона Деоксиса, атакующего город. Развитие событий приводит к противостоянию, в котором Эшу и его союзникам предстоит защитить легендарных покемонов и предотвратить катастрофу.