Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает аналитическими способностями, которые принесли ему прозвище "современный Шерлок Холмс". Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Обнаруженный преступниками, Шиничи получает от них экспериментальную таблетку и под принуждением проглатывает её, после чего теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребёнка. Чтобы скрыться от преследования мафиози, он принимает решение изменить личность. Под именем Конан Эдогавы он селится в доме Ран Мори. Отец Ран, Когоро Мори, руководит частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся дедуктивные навыки и оставаясь в новом облике, Шиничи начинает тайно помогать в расследовании уголовных дел, одновременно пытаясь найти способ вернуть себе прежнее тело и раскрыть организацию, создавшую препарат.