Накадзима Нанао является студентом специального курса в учебном заведении, расположенном на удаленном необитаемом острове. Школа предназначена для подготовки молодых людей, обладающих особыми навыками, к борьбе с существами, классифицируемыми как враги человечества. Учебный процесс сосредоточен на развитии индивидуальных способностей учеников, которые в перспективе должны стать оружием против угроз. Повседневная жизнь Нанао проходит в окружении сверстников, чьи силы делают их опасными, а социальная иерархия в классе основана на демонстрации могущества.

Положение Нанао осложняется тем, что он не проявляет никаких особых способностей, что делает его объектом насмешек и преследований со стороны одноклассников. Ситуация меняется с прибытием двух новых учеников: Онодера Кёя и Хиираги Нана. Хотя система обучения, финансируемая государством, формально направлена на поддержку будущих героев, один из новичков имеет скрытые мотивы. Хиираги Нана, действуя по заданию, методично ищет контакты с другими учениками, внешне производя впечатление неловкой, но её истинной целью является устранение учащихся, обладающих способностями.