События разворачиваются в параллельном мире, напоминающем средневековую Японию. В этом мире обитает множество духов, большинство из которых перемещаются по стране, не представляя прямой угрозы для живых людей, и часто испытывают страдания из-за невозможности повлиять на свою судьбу. Однако существуют и злые призраки, движимые местью и стремлением причинить вред. По разным городам странствует мужчина, известный как Аптекарь, который продает лекарственные средства. Эта деятельность не является его основной целью.

Главной задачей Аптекаря является охота на наиболее опасных духов, называемых «мононокэ», которые смирились со своей участью и целенаправленно вредят людям. Для их уничтожения он использует особый меч, но одного оружия недостаточно. Процесс требует трех этапов подготовки: «Форма», в ходе которой дух становится видимым; «Суть», подразумевающая сбор информации о прошлом призрака, когда он был человеком; и «Причина», самый сложный этап, заключающийся в понимании мотивов, заставляющих дух оставаться в мире живых.