После событий второго сезона Рико, Наначи и Рег продолжают спуск в глубинные слои Бездны. Они продвигаются через новые уровни, где рельеф местности теряет стабильность, а знакомые ориентиры отсутствуют. Их маршрут пролегает через зоны, заполненные биомеханическими структурами и останками прошлых экспедиций. Путешественники преодолевают искривлённые туннели и области с непредсказуемым действием проклятия Бездны. На одном из уровней группа обнаруживает руины древнего комплекса. Внутри сохранились капсулы, символы неизвестной цивилизации и фрагменты механизмов, которые проявляют активность при приближении живых существ.

Попытка исследовать комплекс приводит к активации спящего объекта. Это событие вызывает изменения в структуре Бездны: одни проходы обваливаются, другие неожиданно открываются. Местные существа покидают привычные ареалы обитания и начинают перемещаться ближе к маршруту группы. Рико находит записи, указывающие на связь активированного объекта с ранними экспедициями. Наначи обнаруживает следы экспериментов, в которых участвовали дети. В повествовании появляются новые персонажи, включая выживших исследователей, проводников, охотников за артефактами и представителей неизвестной группы, преследующих собственные цели.