После окончания Второй мировой войны в Японии было создано тайное агентство для противодействия терроризму и экстремизму. Для выполнения этой задачи были привлечены профессиональные ниндзя. Первоначально организация действовала только на территории Японии, но позже расширила свою деятельность до международного уровня. Агентство стало заниматься как локальными, так и глобальными операциями, а общая численность его сотрудников по всему миру достигла двадцати тысяч человек.

Одним из таких сотрудников является семнадцатилетний старшеклассник Кудо. Он отличается хроническим невезением, но продолжает упорно тренироваться, стремясь стать одним из лучших ниндзя в агентстве. Ему приходится сталкиваться с нехваткой поддержки со стороны товарищей и физическим истощением от интенсивных занятий. Параллельно Кудо вынужден совмещать свою деятельность в организации с учебой в школе и домашними обязанностями, работая на неполной ставке, что ограничивает его возможности для полноценной службы.