События развиваются в хронологическом продолжении оригинального сериала Mobile Suit Gundam. После победы Земной Федерации над Княжеством Зион на космических колониях формируется военная организация «Титанс», применяющая репрессивные методы контроля. В ответ возникает повстанческое движение «Эгин», известное как Союз борцов за независимость космических колоний. В 0087 году по универсальному летоисчислению конфликт обостряется. Камил Видан, подросток с колонии «Грин Ноа 2», оказывается вовлечен в противостояние после случайного захвата экспериментального мобильного доспеха RX-178 Gundam Mk-II во время атаки сил «Эгин» на базу «Титанс».

Присоединившись к повстанцам, Камил становится пилотом мобильного доспеха Zeta Gundam. Его личная история осложняется тем, что его родители работают на противоборствующую сторону «Титанс». Сюжет фокусируется на эскалации войны, где границы между друзьями и врагами становятся размытыми. В конфликте участвуют как бывшие солдаты Федерации, так и ветераны Зиона, объединившиеся в «Эгин». Повествование исследует последствия войны для нового поколения, вынужденного делать сложный моральный выбор в условиях непрекращающегося насилия и политических интриг.