Юкито переводится в закрытую Академию Святого Альфонса для мальчиков, расположенную на небольшом острове в Атлантическом океане. Учебное заведение полностью изолировано от внешнего мира. Обстановка, правила и состав учеников здесь отличаются от обычных школ. Юкито, выходец из простой семьи, оказывается в окружении пяти молодых людей, которых называют "Принцами-Полукровками". Все они являются известными личностями из влиятельных семей, что ставит под вопрос причины зачисления в академию самого обычного подростка.

По мере развития сюжета выясняется, что школа скрывает ряд тайн. Взаимоотношения Юкито с новыми знакомыми постепенно перерастают в тесную дружбу, однако каждый из "принцев" обладает собственными скрытыми мотивами и прошлым. Расследование истинной природы академии и целей её учеников составляет основную интригу повествования. События раскрывают механизмы работы закрытого учреждения и личные истории персонажей.