Агент Леон Скотт Кеннеди получает задание найти пропавшего доктора Антонио Тейлора. На выполнение миссии отведено ограниченное время. В процессе поисков Леону противостоит неизвестная личность, которая систематически препятствует его продвижению. Агент вынужден действовать в одиночку, следуя заранее разработанному плану для достижения цели.

Параллельно агент Крис Редфилд расследует вспышку инфекции в Сан-Франциско, которая превращает людей в агрессивных существ. Анализ показывает, что первые случаи заражения связаны с прибывшими с острова Алькатрас. Для выявления источника угрозы и её ликвидации на остров направляется группа военных специалистов.