Леон Валентине находит необычную игрушку под названием Бакуган. Вскоре выясняется, что эти предметы являются порталами в параллельное измерение, где Бакуганы существуют как реальные создания, наделённые особыми способностями. Леон знакомится с группой подростков, которые также обладают подобными игрушками. Вместе они обнаруживают, что их миру угрожает таинственная организация "Генезис". Эта структура объединяет сильнейших бойцов из различных измерений под предлогом проведения масштабных турниров.

Герои выясняют, что истинная цель "Генезиса" заключается в захвате контроля над силой Бакуганов. Леон и его союзники вступают в противостояние с организацией, используя в сражениях способности своих существ и развивая личные тактические навыки. Сюжет сопровождается путешествиями по разным измерениям, поиском новых союзников и постоянным совершенствованием мастерства. Персонажи последовательно преодолевают возникающие препятствия, что позволяет им постепенно приближаться к главной цели — защите своих миров от захватчиков.