Спустя несколько лет после событий предыдущего сезона Дэн Кузо и его друзья повзрослели и отошли от игры в Бакуган, сосредоточившись на повседневных обязанностях. Их привычный порядок нарушается, когда одна из карт Бакуганов неожиданно активируется, и появляется Драго. Он сообщает, что их родную планету, Новую Вестройю, захватили пришельцы-люди, рассматривающие бакуганов исключительно как инструмент для достижения своих целей.

Дэн соглашается помочь и вместе с Маручо и Шуном отправляется в измерение, где обитает Драго. Там они присоединяются к Сопротивлению, целью которого является освобождение бакуганов от порабощения. Героям предстоит столкнуться с организованным и сильным противником, что потребует от них мобилизации всех сил и навыков, приобретенных в прошлом.