Спустя несколько лет после событий предыдущего сезона Дэн Кузо и его друзья повзрослели и отошли от игры в Бакуган, погрузившись в повседневные обязанности. Их спокойная жизнь нарушается, когда одна из карт Бакугана неожиданно активируется. Появляется Драго, который сообщает, что их родную планету, Новую Вестройю, захватили. Захватчиками являются люди, рассматривающие бакуганов исключительно как инструменты для достижения своих целей.

Дэн соглашается помочь и вместе с Маручо и Шуном отправляется в измерение, где обитает Драго. Герои присоединяются к Сопротивлению, целью которого является освобождение бакуганов от порабощения. Их путь связан с преодолением многочисленных препятствий и противостоянием мощному противнику, что требует от группы максимальной концентрации сил и навыков, приобретенных в прошлом.