Действие происходит в Японии периода Бакумацу, в XIX веке, когда произошёл первый контакт с инопланетными цивилизациями. Прибывшие на странных кораблях пришельцы объявили о намерении колонизировать Землю. Вооружённое сопротивление самураев оказалось неэффективным против превосходящих технологий, что вынудило правительство сёгуната капитулировать и пойти на сотрудничество. Однако часть самураев, объединившихся в группу «Дзёи», отказалась признать новую власть и продолжила партизанскую борьбу против оккупантов.

Бывший командир отряда «Дзёи» Гинтоки Саката после войны ведёт жизнь наёмника, занимаясь мелкими поручениями для заработка. Он передвигается на скутере и использует в боях деревянный меч. Не отличаясь амбициозностью, Гинтоки, тем не менее, демонстрирует стратегическое мышление и боевые навыки в конфликтах. Его деятельность регулярно приводит к столкновениям как с представителями инопланетной администрации, так и с другими противниками, в которых ему помогают спутники.