Действие происходит в Японии периода Бакумацу, в XIX веке. В это время происходит первое столкновение человечества с инопланетными цивилизациями, когда над страной появляются корабли пришельцев, намеревающихся колонизировать Землю. Вооружённое сопротивление самураев оказывается неэффективным против превосходящих технологий, что вынуждает правительство капитулировать и пойти на сотрудничество с захватчиками. Однако часть патриотов из группировки «Дзёи» отказывается подчиняться новому порядку и продолжает борьбу, становясь врагами сёгуната.

Главным героем является Гинтоки Саката, бывший командир отряда «Дзёи». После войны он ведёт жизнь наёмника, занимаясь поиском заработка в столице, изменившейся под влиянием инопланетных технологий. Он передвигается на скутере и использует в бою деревянный меч, обладающий необычной прочностью. Не отличаясь амбициозностью, Гинтоки, тем не менее, демонстрирует находчивость в сложных ситуациях. Вместе с компаньонами он регулярно оказывается втянут в конфликты с различными противниками, включая представителей правительства, инопланетян и криминальные группировки.