Действие происходит в городе Альтомар, столице водного пространства. Главный герой Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город, где становятся свидетелями появления двух редких покемонов — Ратиасу и Ратиосу. Эти покемоны, являющиеся братом и сестрой, обладают уникальной эмоциональной связью, позволяющей им понимать друг друга без слов. Их присутствие в Альтомаре привлекает внимание охотников за покемонами — сестёр Заннаа и Рион, которые намерены захватить редких существ.

Попытка поимки Ратиасу и Ратиосу приводит к конфликту, в который оказываются вовлечены Эш и его спутники. Ситуация осложняется тем, что легендарные покемоны связаны с артефактом, известным как "Капля души", способным вызвать катастрофическое наводнение в Альтомаре. Параллельно на город совершает нападение покемон Деоксис. Сюжет развивается вокруг попыток главных героев защитить Ратиасу и Ратиосу, предотвратить использование артефакта и выяснить причины агрессии Деоксиса.