В хронологии Mobile Suit Gundam события сериала Zeta Gundam являются прямым продолжением оригинальной истории. После завершения Однолетней войны между Земной Федерацией и Княжеством Зион наступил период неустойчивого мира. В результате послевоенных противоречий внутри Земной Федерации был создан элитный карательный отряд "Титаны". Их методы правления привели к формированию вооруженной оппозиции — AEUG, или "Анти-Земного Союза", в ряды которого входят как бывшие солдаты Федерации, так и ветераны Зиона.

Действие переносится в 0087 год всеобщего летоисчисления. Центральным персонажем становится Камил Видан, подросток, задержанный силами "Титанов" после конфликта. Его побег становится возможным в ходе атаки AEUG на колонию, в ходе которой он захватывает экспериментальный мобильный доспех RX-178 Gundam Mk-II. Однако вскоре он оказывается на борту корабля AEUG "Аргус". Перед Камилом встает сложный выбор стороны в конфликте, который затрагивает судьбы его близких, вынуждая его пересмотреть понятия "свой" и "чужой".