Второй сезон разворачивается в недалеком будущем, где человечество столкнулось с глобальным вторжением инопланетных сил. Технологический прогресс не смог компенсировать нехватку ресурсов для эффективной обороны, что привело к масштабному опустошению. В результате конфликта было уничтожено около 90% населения, а выжившие были помещены в контролируемые приюты. Надзиратели этих учреждений осуществляют постоянный мониторинг, а у воспитанников стерты воспоминания о жизни до вторжения.

Для пилотирования специализированных машин отбирают трех подростков. Они объединяются для создания робота «Мусаси», используя уникальный сплав «мегатроний». Группа, действующая как ядро сопротивления, сталкивается с рядом опасных угроз в процессе выполнения своей миссии. Их ключевой задачей становится сохранение остатков знаний и эмоционального опыта, чтобы предотвратить полную утрату человеческой способности чувствовать и создавать что-либо новое для будущих поколений.