Сюжет разворачивается на космическом корабле «Ямато», созданном на основе военного линкора. Действие происходит в будущем, где человечество колонизировало ряд планет и вступило в контакт с внегалактическими цивилизациями. Технологический уровень позволяет совершать перемещения со скоростью света. По мере расширения сферы влияния людей учащаются конфликты с враждебными инопланетными видами.

Экипаж «Ямато» участвует в межгалактических военных конфликтах. Первой задачей корабля становится операция по доставке устройства, очищающего атмосферу и почву от радиации. Планета Земля подверглась атаке Империи Гамилу, в результате которой поверхность была заражена. Население было вынуждено переместиться в подземные убежища. Успешное выполнение миссии экипажем позволило восстановить условия для жизни на планете.