Действие происходит в Лондоне, столице Соединенного Королевства. Главная героиня, Хатори Чисэ, с детства способна видеть странных существ отталкивающего вида, которые постоянно её окружают. Её мать, не в силах принять особенность дочери, совершает самоубийство. Окружающие, включая тех, кто пытался о ней заботиться, не понимают поведения девочки, что приводит к её полной изоляции. В поисках уединения Чисэ уходит в лесную чащу, где обнаруживает здание с обширной библиотекой.

В библиотеке она встречает незнакомца, который способен понять её ситуацию. Он объясняет, что его задача — охранять лес от проникновения подобных существ, и предлагает Чисэ остаться в этом безопасном для неё месте. Здесь героиня впервые обретает душевное спокойствие. Последующий период её жизни наполнен различными событиями, в ходе которых новый знакомый помогает ей разобраться в своей природе и преодолеть прошлые страхи.