Действие происходит в Токио накануне крупного спортивного праздника. К этому событию приурочен запуск экспериментального поезда, движущегося по вакуумному тоннелю с высокой скоростью. Во время торжественного ужина для инвесторов проекта несколько ключевых сотрудников исчезают при невыясненных обстоятельствах.

Расследованием занимается детектив Конан. В процессе работы он обнаруживает связь между текущими исчезновениями и серией похищений, произошедших пятнадцать лет назад во время аналогичного мероприятия в Америке. В ходе расследования детективу предстоит установить судьбу пропавших людей, а также найти исчезнувший экспериментальный поезд.