Накадзима Нанао является студентом специального курса в учебном заведении, расположенном на удаленном острове. Школа предназначена для подготовки молодых людей, обладающих особыми навыками, к противостоянию с существами, классифицируемыми как угроза человечеству. Учебный процесс сосредоточен на развитии индивидуальных способностей учеников, которые в перспективе должны стать основным оружием в этой борьбе. Нанао вынужден существовать в среде, где доминируют сильные личности, чьи таланты делают их ключевыми фигурами в программе. Его положение осложняется отсутствием заметных способностей на фоне остальных учащихся, что становится причиной постоянных насмешек и давления со стороны одноклассников.

Рутинное течение жизни Нанао нарушается с прибытием в класс двух новых учеников: Онодера Кёя и Хиираги Нана. Система обучения построена на государственном финансировании, обеспечивающем ученикам условия для развития их потенциала. Однако появление Хиираги Нана вносит в установленный порядок скрытую угрозу. Внешне демонстрируя неловкость в общении, новый ученик действует по конкретному заданию. Его истинной целью является устранение учащихся, обладающих особыми способностями, что ставит под вопрос безопасность всей образовательной системы и будущее её воспитанников.