События разворачиваются в параллельном мире, напоминающем средневековую Японию. В этой реальности обитает множество духов, большинство из которых перемещаются по территории, не представляя прямой угрозы для живых людей. Многие призраки испытывают страдания из-за невозможности повлиять на собственную судьбу. Однако существуют и враждебные духи, движимые чувством мести и стремящиеся причинить вред. По стране путешествует мужчина, известный как Аптекарь. Он продаёт в разных городах эффективные лекарственные средства, но эта деятельность не является его основной целью.

Главной задачей Аптекаря является противостояние мононокэ — наиболее опасным и злым духам, которые смирились со своей участью и намеренно вредят людям. Для их устранения герой использует особый меч, однако одного оружия недостаточно. Процесс требует трёх последовательных этапов. Первый этап, «Форма», предполагает визуализацию призрака, делая его осязаемым. На втором этапе, «Суть», необходимо собрать информацию о прошлом духа, когда он был человеком. Завершающий этап, «Причина», заключается в выяснении обстоятельств, которые привели к тому, что дух продолжает скитаться по миру, что представляет наибольшую сложность.