Юсэй Фудо стремится вернуть утраченное в начале своего пути. Мир карточных дуэлей, где он ранее был признанным мастером, претерпел изменения с развитием технологий. Дуэли на мотоциклах с использованием устройств D-колёс стали массовым явлением. Эти гибриды дуэльных дисков и скоростных мотоциклов привлекают широкую аудиторию. Для Юсэя это не просто спорт, а способ восстановить справедливость. После создания собственного конкурентоспособного D-колеса он столкнулся с предательством со стороны бывшего друга.

Джек Атлас присвоил себе D-колесо Юсэя, а также его ключевую карту «Дракона Звёздной Пыли». Эта карта связана с его прошлым и символизирует его силу. Джек отправился в Нео-Домино-Сити, мегаполис, ставший центром проведения главных дуэльных турниров, где культ чемпионов интегрирован в общественную жизнь. За два года он утвердился в статусе непобедимого лидера дуэлянтов. Юсэй за это время продолжал тренировки и технические доработки своего оборудования, готовясь к противостоянию с сильнейшими оппонентами в Нео-Домино-Сити.