После катастрофы, уничтожившей население за пределами Токио, Аято Камина потерял связь с Харукой Мисимой. В течение трёх лет он жил в изолированном городе, пытаясь смириться с утратой. Ситуация изменилась с появлением таинственных захватчиков, атаковавших Токио. В этот момент Аято встречает Харуку Шитоу, агента секретной организации ТЕРРА. Она сообщает ему, что его представления о прошлом не соответствуют действительности, и предлагает раскрыть правду о мире.

В ходе сотрудничества с ТЕРРОЙ Аято сталкивается с рядом необъяснимых событий. Он узнаёт, что окружающая реальность является искусственной конструкцией, скрывающей истинную природу существования. Аято активирует гигантского меха по имени РакШефон, что пробуждает в нём ранее неизвестные способности. Этот механизм становится ключевым инструментом в противостоянии с захватчиками. Дальнейшие расследования приводят к открытию, что многие люди, включая мать Аято, обладают особой синей кровью, отличающей их от обычных людей. Это заставляет его пересмотреть собственное происхождение и предназначение.