В Японии происходит внезапное событие: население одного из крупнейших городов наполовину бесследно исчезает, нарушая привычный уклад жизни. Главный персонаж, курьер Такуя, продолжает выполнять свои рабочие обязанности по договору с компанией, оставаясь в стороне от происходящего. Ситуация меняется после его встречи с Юки — единственным человеком, который вернулся из опустевшего мегаполиса. Девушка сообщает, что массовые исчезновения могут быть связаны с письмом её отца.

Такуя и Юки совместно отправляются в полупустой город для расследования причин произошедшего. Их поиски приводят к обнаружению следов загадочной организации, деятельность которой связана с опасными личностями и заговорами. Героям предстоит последовательно разобраться в цепи событий и распутать сложный клубок различных тайн, стоящих за исчезновением людей.