После вторжения инопланетных существ с Юпитера, поставившего человечество на грань исчезновения, Акито остается одним из немногих выживших. Он возвращается на Землю, испытав нападение на марсианскую колонию, и начинает работать поваром, пытаясь обрести новую цель. Однако пережитые события продолжают преследовать его, формируя устойчивые травматические воспоминания.

Ситуация меняется после встречи с Юрикой, капитаном космического корабля "Надэсико", построенного компанией "Нергал" для противостояния инопланетной угрозе. Корабль готовится к экспедиции на Марс, где началось вторжение. Акито присоединяется к экипажу, рассчитывая найти ответы о гибели своих родителей и природе конфликта. Вместе с командой он сталкивается с космическими опасностями в ходе миссии, цель которой — выживание и раскрытие истины.