Продолжение повествования сосредоточено на персонаже по имени Кирито. После нападения на секретный исследовательский центр, где проводились испытания системы «Алисизация», Кирито и Асуна начинают расследование инцидента. Данная система является ключевым компонентом для проекта «Underworld», что делает атаку значимым событием. В ходе расследования выясняется, что за нападением стоит группа преступников, целью которых является получение доступа к исходному коду системы.

Осознавая угрозу, Кирито предпринимает попытку объединить различные фракции внутри виртуального мира для защиты Алисы Цуберг — сущности, содержащей в себе критически важный программный код. Захват этого кода преступной группировкой создаёт риск полного уничтожения среды «Underworld». Несмотря на существующие противоречия между фракциями, они соглашаются на временное сотрудничество для противодействия общему противнику. Действия Кирито и его союзников направлены на предотвращение реализации планов злоумышленников и защиту Алисы Цуберг от похищения.