Спин-офф аниме «Научный Рейлган» фокусируется на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. После событий основной сюжетной линии он восстанавливается, потеряв значительную часть своих способностей в результате спасения девочки по имени «Последний Заказ». Его попытка вести спокойную жизнь прерывается, когда он вынужден вмешаться в ситуацию, связанную с похищением незнакомки. Ключевым элементом, привлекшим его внимание, стала фотография юного клона Мисаки, найденная у этой девушки.

Расследование приводит Акселератора к конфронтации с организацией «Дисциплинарное Наказание», которая считает эсперов угрозой и стремится к их уничтожению. Группа использует в качестве основного оружия останки умерших эсперов, помещенные в механизированные скафандры. По мере того как «Дисциплинарное Наказание» начинает реализацию своих планов в Академии-Сити, противостоять им приходится Акселератору, который, несмотря на нежелание быть героем, остается одним из немногих, способных остановить угрозу.