Чихару, обладающий сверхчеловеческими способностями, и Макина, являющаяся киборгом, получают наказание за опасное вождение в космическом пространстве. Их приговаривают к общественным работам, заключающимся в уборке старого межпланетного поезда «Милки ☆ Метро». Первоначально задача воспринимается персонажами как рутинная. Ситуация меняется, когда поезд внезапно приходит в движение и начинает хаотичное перемещение по Вселенной без следования какому-либо маршруту.

Чихару и Макина вынуждены реагировать на непредсказуемые обстоятельства, полагаясь на собственную интуицию. Им приходится действовать совместно, несмотря на различия в их природе. Поезд сталкивается с различными опасными ситуациями, а персонажи ищут решения возникающих проблем. Их путь сопровождается абсурдными и комичными событиями, которые, однако, не уменьшают их решимости продолжать движение. Само транспортное средство становится активным участником этого путешествия.