В результате научных экспериментов по созданию искусственных организмов в Японии произошёл инцидент, известный как Взрыв. Утечка экспериментальной субстанции под названием Материя привела к неконтролируемому распространению аномалии в Куробском ущелье. Расположенный там передовой научный город был полностью поглощён загадочной субстанцией, после чего правительство изолировало территорию. Спустя два года пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая семью в ходе катастрофы, узнаёт, что её собственная жизнь имеет прямую связь с событиями того дня.

Встреча с таинственным учеником Юи Кандзаки открывает Айко новые обстоятельства произошедшего. Юи сообщает, что Взрыв не был случайностью, а стал результатом секретных экспериментов, и ключ к разгадке трагедии скрыт в теле самой Айко. Он указывает на Первичную Точку — место, где всё началось, — и предлагает отправиться туда, чтобы выяснить истинную природу Материи. Для этого опасного путешествия им потребуется помощь отряда дайверов — людей, использующих специальные органические костюмы для перемещения по заражённой зоне и защиты от смертоносной среды.