Сиро Эмия, старшеклассник и сирота, проживает в особняке со своей опекуншей. Он обладает необычной способностью: при физическом контакте с объектом он интуитивно понимает его внутреннюю структуру и принципы работы. Происхождение этой способности ему неизвестно. Его обычная жизнь прерывается, когда в городе начинается тайный конфликт, известный как война за Святой Грааль. Это событие, которое местная церковь веками скрывала от общества, становится для Сиро отправной точкой.

Война за Грааль представляет собой ритуал, повторяющийся каждые десять лет. В нём участвуют семь магов, каждый из которых призывает к себе легендарного героя из прошлого, известного как Слуга. Победитель в этом противостоянии получает доступ к Святому Граалю, артефакту, способному исполнить любое желание. Сиро неожиданно для себя оказывается вовлечён в эту войну в роли одного из магов-Мастеров. В критический момент первого столкновения он инстинктивно призывает Слугу для своей защиты. Эта Слуга, легендарная героиня, скрывает своё истинное имя под классом «Сэйбер» (Мечница), предпочитая не раскрывать свою широко известную в истории личность.