Десять лет прошло с момента противостояния кланов Ига и Кога, решившего вопрос о преемнике сёгуна. Конфликт, ранее приводивший к постоянным войнам, завершился. Отношения между кланами остаются напряженными, однако открытые столкновения были предотвращены. Обе стороны пришли к пониманию, что продолжение вражды угрожает стабильности всей Японии. Это осознание позволило установить непрочный, но функциональный мир.

Текущее спокойствие оказалось под угрозой из-за деятельности неизвестной организации. Эта сила, действуя скрытно, стремится нарушить установившийся порядок. Её агенты последовательно устраняют региональных правителей и других влиятельных лиц, расчищая путь для своих планов. Истинные мотивы и конечная цель группы остаются неясными. Сложившаяся ситуация ставит кланы ниндзя перед необходимостью вновь защитить страну от надвигающейся угрозы.