Альтомар представляет собой столицу водного пространства. Город известен не только своим обликом, но и легендой о двух уникальных покемонах, обитающих в его окрестностях. Тренер Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город. В ходе своего пребывания они случайно встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу. Эти покемоны, являющиеся старшим братом и младшей сестрой, демонстрируют сильную взаимную привязанность, способную передавать эмоции через взгляд.

На покемонов обращают внимание охотники сёстры Заннаа и Рион, которые планируют их захватить. В процессе попытки поимки они вовлекают в конфликт Эша и его спутников. Ситуация осложняется тем, что Ратиасу и Ратиосу обладают способностью под названием "Капля души", применение которой может привести к затоплению Альтомара. Одновременно с этим на город совершает нападение покемон Деоксис, чьи мотивы изначально неясны. Развитие событий приводит к столкновению, в котором Эшу и его друзьям предстоит найти способ защитить город и легендарных покемонов.